Step1で手動入力した物質の有害性情報は、別のSDS作成時にも自動で反映されますか？それとも都度入力が必要ですか？

都度入力が必要です。
もし、繰り返し同じ物質を利用されたい場合は、原料として登録してご利用ください。原料メニューで、単一物質を選択して登録し、原料コードから呼び出して利用することを推奨します。