過去のSDSを「複製」して成分を変更した場合に、手動で追記した特定成分用の注意書きは自動で消えますか？

手動入力部分はシステム側で勝手に削除されることはありません。そのまま保持されます。

そのため、成分変更後に表示内容の差分をご確認いただき、反映するかどうかをお客様ご自身で判断いただく運用となります。

削除忘れによるミスを防止するためには、たとえば、「タグ機能」を活用して「◯◯系」「非◯◯系」といった成分ごとの雛形テンプレートをあらかじめ作成し、そこから複製運用することを推奨します。